Le Programme de Fonds de Partenariat est considéré comme un instrument de collecte de fonds important dans l'histoire de Funbio, ayant permis de recueillir environ 6,3 millions USD auprès des institutions partenaires.
C'est un instrument si important car il permettait d'identifier les institutions désireuses d'investir dans des projets de conservation et aussi de mobiliser des ressources supplémentaires en utilisant les ressources limitées de Funbio. Ce programme a permis à Funbio d'atteindre son objectif de financement de contrepartie d'un minimum de 5 millions de dollars au cours de ses cinq premières années d'existence, une condition du contrat avec le FEM qui a créé Funbio avec une subvention de 20 millions de dollars. C'était l'une des conditions pour que Funbio bénéficie du deuxième décaissement du FEM, d'environ 10 millions de dollars, pour financer d'autres projets de conservation, mais aussi pour assurer sa maintenance institutionnelle.
