La Colombie est classée au niveau international parmi les pays présentant la plus grande mégadiversité : alors qu’elle ne représente que 0,22% de la superficie terrestre, elle abrite environ 10% des espèces actuellement répertoriées sur la planète. Elle occupe la première place en termes de nombre d’espèces d’oiseaux (1 889 espèces) et d’amphibiens (763 espèces) et est également riche en mammifères (479 espèces). Le pays abrite également environ 40 000 espèces de plantes, ce qui représente 15% de la diversité mondiale.
En raison de la déforestation et de la transformation non durable des terres, la biodiversité en Colombie est perdue à un rythme alarmant. Les principales causes de la déforestation sont les changements d'affectation des terres pour l'agriculture, les projets d'infrastructure, les cultures illicites, la migration interne, l'exploitation minière, l'extraction légale et illégale de bois et les incendies de forêt. L'expansion de l'élevage bovin est le principal moteur de la déforestation et du changement d'affectation des terres. Au cours des cinquante dernières années, les surfaces consacrées à l'élevage bovin en Colombie sont passées de 14,6 à 39 millions d'hectares.
