Pour le volet de suivi de la biodiversité du Fonds, les huit (8) objectifs de conservation définis dans deux (2) processus de planification antérieurs — le Plan de conservation du Alto Chagres1 et le Plan de gestion du parc national Chagres2 — ont été examinés, et il s'est également appuyé sur l'expérience technique générée lors des actions de conservation du projet Parque en Peligro.
Cinq (5) objets de conservation ont été sélectionnés, et des attributs écologiques ont été définis sous la taille, catégories de condition et de paysage. Les objets de conservation comprennent le jaguar, l'aigle harpie, la forêt semi-caducifoliée, l'écosystème lotique, et la forêt de nuages ; et pour évaluer le statut de chaque objet de conservation un total de onze (11) indicateurs biologiques ont été identifiés.
